В 1798 году по указу Павла I здание передано Казанской гимназии, из которого планировали создать Казанский университет. Первым заведующим был профессор Фукс, который закупил тогда конхиологические собрания из 578 раковин профессора Броннера.
В завершающем становлении музея в 1823-27 году огромную роль сыграл член Петербургской академии наук Эдуард Эйхвальд. Именно в эти годы в музее появились палеонтологические и зоологические коллекции, которые Эйхвальд лично собирал во время экспедиции в Арало-Каспийской области. В период с 1828 по 1860 года музей окончательно принял характер систематизированного зоологического собрания при руководстве Эдуарда Эверсманна.
В настоящий момент музей состоит из 8-ми залов, которые расположены по фасаду 2-го этажа главного здания университета. В коллекции музея 23 типа животных, фонды его представляют около 4 тысяч единиц позвоночных, 750 единиц насекомых (около 40 тысяч экземпляров) и 4 тысячи экземпляров хранения других беспозвоночных.
Экскурсии проводятся по предварительной записи.
Отзывы о Зоологическом музее имени Эверсманна